Depois de derrotado em Death Egg de Sonic 3 & Knuckles, Robotnik consegue fugir em uma pequena nave oculta antes da base explodir e constrói bases que interligam a Terra à Lua. Depois de feito, Robotnik ainda consegue pegar a Master Emerald e fabricar a Clone Emerald, um clone da Master Emerald com poder ilimitado.

    Knuckles, que estava na casa de Sonic (é! Sonic construiu uma casa com Tails), só ficou sabendo depois que Sanderson (colega de treinos de Knuckles) chegou lá e o avisou. Os quatro foram até lá e viram que a Master Emerald realmente sumiu!!! Que acontecerá agora? Será que eles recuperarão a Master Emerald?

    As esmeraldas você consegue assim: você acha o anel gigante somente no meio e final da Act (1/2) e é transprtado à Special Stage que é uma miscelânea das de Sonic 1, 2, 3 e 3D.

    Com as Chaos Emeralds Sonic, Knuckles e Sanderson viram Super; Tails não reage. Após a 5ª fase, as     Chaos Emeralds se transformam em Super Emeralds e com isso, Sonic, Knuckles e Sanderson, viram Hyper; enquanto Tails se transforma em Super Tails. Após a 12ª fase, as Super Emeralds se transformam em Delta Emeralds: Sonic e Knuckles se tornam Mega; Tails se torna Hyper e Sanderson não reage.

Dá para jogar nos modos 1 e 2 players.

1 Player: um para você jogar e um ajudante.

2 Player: um para o jogador 1 e outro para o jogador 2.

    Há todos os escudos, mais o de Vento/Air Shield (faz você flutuar), de Grama/Grass Shield (neutraliza raio e água) e de Terra/Earth Shield, onde você entra na terra e na água.

    Knuckles e Sanderson percorrem os mesmos caminhos, mais desviados dos de Sonic e Tails. (No modo 1 player, Sonic tem como ajudante Tails e vice-versa; Knuckles tem como ajudante Sanderson e vice-versa).

    No final, depois de derrotar Robotnik, a interligação é destruída, com Robotnik sem escapatória, e, por infeliz que pareça, a interligação também destrói uma vasta parte da Lua e os meteoros caem diretamente na América, aqui na Terra, provocando o vulcanismo. As pessoas que vivem na América, em 3044 d.C., reconstroem o que foi destruído na Lua e na Terra.

    Sonic e Tails vão para casa e voltam aos treinos, pois caso Robotnik consiga escapar (o que é, na prática, impossível) eles lutem novamente. Knuckles e Sanderson chamam amigos para que defendam a Master Emerald e destroem a Clone Emerald, provocando os reparos no planeta e no satélite, que são totalmente concluídos.

1. Angel Island: é a primeira fase do jogo. É idêntica à de Sonic 3.

2. Midtown Madness: a fase é uma miscelânea de Chemical Plant, Hydrocity e Marble Garden, com partes de cada uma. Tudo embaixo d'água e ninguém se afoga.

3. Hydrocity Labyrinth: ela lembra muito a Labyrinth de Sonic 1 de dois consoles: Master System e Mega Drive.

4. Hi-fly'n'Sky: é como a Sky Sanctuary de Sonic&Knuckles, porém com algumas mudanças, onde há precipício, há pontes que evitam a queda do jogador.

5. Inside the Ice: a fase não têm cavernas nem túneis tais quais a IceCap de Sonic 3, mas lembrará muito a mesma. Após esta, você poderá coletar as Super Emeralds.

6. Emerald Zone: esta fase só é acessível se você tiver as 7 Chaos Emeralds, caso contrário, você não conseguirá sequer atravessar o primeiro cenário e o mesmo se destruirá, te matando.

7. Gene Gadget: é a Gene Gadget de Sonic 3D convertida para o espaço Sonic 3.

8. The Strike: esta fase lembra muito a Scrap Brain de Sonic 1. No 1° act, você enfrentará de cara o Robotnik e no 2° o Super Mecha Sonic de Sonic e Knuckles (este personagem já é conhecido).

9. Space Desert: é o início da interligação da Terra com a Lua. É constituída de uma ponte de corrida e só possui um Act. No fim desse Act (tempo percorrido: 3 min 55 segundos e 45 centésimos), você enfrentará Mecha Knuckles (ver imagem no site Power Sonic) e se perder para ele, você morrerá e o tempo recomeçará de 3.55'45"!

10. Intermediate Interligation: Você está entrando no labirinto da interligação. Você tem que ser rápido, pois o labirinto é longo e demora, no mínimo, uns 6 minutos para sair dele.

11. End of Time Warp: Plataforma final da interligação. Você está no fim da interligação e enfrenta Mecha Knuckles (pois é! Ele infelizmente é concertado!) e ao derrotá-lo, você vai para a Lua.

12. Moon! The Strike: Você está na Lua! Você tem, no máximo, 1 minuto para pegar o escudo de vento, caso contrário, morrerá asfixiado! Seja rápido, pois só há um na fase inteira e além do mais, não há robôs.

13. Peristalti Base: uma base com oxigênio limitado. Você tem oxigênio suficiente até os 5 minutos. Depois deste prazo, você sótem 25 segundos para completar a fase.

14. The Emerald Cave: Plataforma estilo a da Hidden Palace de Sonic 3 & Knuckles. É aqui que você pega TODAS as Delta Emeralds, e se você não tiver as Super Emeralds, você não passará por esta fase e irá para a fase 16.

15. Fire Fortress: São necessárias as 7 Delta Emeralds para que a fase seja eclodida. Esta fase é como a The Doomsday de Sonic & Knuckles, mas o fundo é realmente como você pensava: o inferno! Você tem o prazo de 50 segundos para passar a fase, pois não há anéis e há um precipício duma figa...

16. The Final Fight: São necessárias, no mínimo, as 7 Super Emeralds para conseguir vencer os chefões! É uma plataforma de chefão, onde aparecem Mecha Knuckles, Mecha Sonic e Super Mecha Sonic. É uma fase difícil de ser finalizada, e além do que, Mecha Sonic se transforma usando tanto a Master como a Clone Emerald. É quase impossível de derrotá-lo!

17. Speedin'Bonus: Fase final. Só é acessada se você tiver as Delta Emeralds, pois caso contrário, você simplesmente voltará à fase 07! É uma plataforma de corrida, como na fase 09 e no fim dela, você vê um desastre: a interligação se autodestrói, mas destrói a Lua quase por completo e coloca a América em sério risco: as crateras da explosão só caem ali e provocam o vulcanismo. É um final de chorar!!!

Mega Knuckles: ele ganha mais "cabelo" e consegue se equivaler ao Sonic. Também consegue voar sem precisar alcançar uma parede. Para voar, basta apertar para cima e direcioná-lo.

Hyper Tails: Tails fica com os fios de cabelo da frente arrepiados (típicos de quem levou choque) e ganha as estrelinhas de Hyper Sonic. Ganha a habilidade de voar sem as caudas. Para voar sem as caudas, basta apertar A duas vezes.

FINAL!!!!

Sanderson - Volta a treinar duro com Knuckles, mesmo que ele tenha de fazer isto nos dias mais irritantes (isto faz com que ele pare de pensar que Robotnik sobreviveu).

Knuckles - Destrói a Clone Emerald que Robotnik fabricou e automaticamente faz com que a Master Emerald recupere a força que tinha antes. Por incrível que pareça, gosta dos treinos que faz com Sanderson.

Sonic - volta para Green Hill e revê sua casa. Lá, aprende a cozinhar (Tails o obrigou a aprender), mas sua comida não é lá das boas. Só nisso, reveza com Tails nos dias de cozinha.

Tails - Ao voltar para casa, obriga Sonic a aprender a cozinhar, pois não agüenta a pressão de fazer vinte e cinco cachorros-quentes por dia para o Sonic. Antes mesmo do Sonic comer, ele ainda grita: "NÃO SOU FÁBRICA DE CACHORROS-QUENTES!".

Robotnik - Antes mesmo de sair de sua última base, a que destrói uma vasta parte da Lua, a base explode e por fim ele morre... seria um milagre ele ressuscitar.