Dr. Eggman está em um local altamente secreto. O cientista está procurando por uma arma militar criada por seu avó, Gerald Robotnik. Como o local está cheio de inimigos e ele deve chegar ao nível mais profundo. Para isso, ele veio no seu Egg Walker para abrir caminho à força.

Legendas

Fase do Shadow
Fase da Rouge
Fase do Dr. Eggman
Chefe

As fases

Stage: 01 Iron Gate

    Para abrir as portas que se fecham a sua frente, mire nos quatro cantos e atire. Como esta é a primeira fase do lado Dark, ela é bem simples. Basta atirar nos inimigos para abrir caminho. Ao chegar no final, várias portas se fecharão. Dispare no painel para disparar o míssil e passar.

     Eggman chega ao local onde está a tal arma. Ele usa a senha MARIA para abrir a porta. Eggman usa uma Chaos Emerald num console como chave para desativar as trancas da arma secreta. Um grande container ergue-se. No alto surge um ouriço. Eggman acha que é Sonic que veio atrapalhar seus planos novamente. Porém quando ele olha com calma, percebe que este não é Sonic e sim um ouriço negro. Seu nome é Shadow, a forma de vida suprema. O ouriço diz que realizará um desejo de Eggman por ter libertado-o. De repente, um robô altamente armado surge para deter Eggman. Shadow vai enfrentar o inimigo de Eggman .

B-3x HOT SHOT

     Ele virá voando na direção de Shadow. Desvie indo para os lados e não haverá maiores problemas. Quando ele aterrisar, lançará mísseis em sua direção. Desvie e aproveite que ele está no chão para acertá-lo com o Homing Attack (botão A quando estiver no ar). Depois disso, ele tentará acertá-lo com um raio laser, basta manter-se em movimento para não ser atingido.

    Eggman fica impressionado pela performance de Shadow contra o robô. Shadow diz que estará esperando na colônia espacial ARK e também diz para ele levar mais Chaos Emeralds. Na manhã seguinte, Knuckles the Echidna encontra-se no deserto, após perseguir uma ladra chamada Rouge the Bat, que quer Master Emerald para adicionar a sua coleção. Os dois encaram-se com a jóia no meio deles. Knuckles começa a explicar a importância da Esmeralda, pois só ela tem poderes para neutralizar as sete Esmeraldas do Caos. Neste momento surge o Doutor Eggman , que está atrás das Esmeraldas. Ele decide levar a Master Emerald, pois pode ser útil. Knuckles impede, quebrando-a em vários pedaços. A caçadora de tesouros, Rouge fica enlouquecida com a atitude do equidna, mas ele diz que é possível restaurar a Esmeralda ao juntar todos os pedaços.

Stage: 02 Dry Lagoon

    Para localizar os pedaços da Master Emerald, você deve observar o radar: quando ele está verde significa que você está indo em direção à Esmeralda; amarelo significa que você está muito perto e vermelho é quando você está do lado. Você pode usar as dicas dos painéis, mas isto diminui o seu rank. Para ir para a outra parte, a do lago, destrua os inimigos que estão cercando uma tartaruga. Ela ficará no meio do laguinho. Suba em cima dela e aperte B para ir até o lago.

     Dr. Eggman precisa voltar para sua base escondida na pirâmide, mas para isso ele precisa atravessar um perigoso deserto.

Stage: 03 Sand Ocean

    Nesta fase não seja apressado, pois há vários inimigos bloqueando o caminho e você pode cair na areia movediça por causa deles. Atravessa as plataformas com muita calma. Em certos pedaços da fase, serão necessários destruir pilares para formar novos caminhos. Ao pular nas plataformas giratórias, que ficam sobre a areia movediça, tome um pequeno impulso.

   Eggman chega até a sua base. Quando ele liga o monitor, vê no noticiário que um cerco foi feito na ponte para deter no ladrão que roubou uma Chaos Emerald do banco. Eggman reconhece Shadow. Quando o ouriço está na coluna da ponte, ele lembra-se de uma garota chamada Maria, para quem Shadow fez uma promessa. O ouriço preto jura vingança contra o mundo.

Stage: 04 Radical Highway

    Você começará a fase descendo o cabo da ponte. Ao avançar, cuidado com os disparos dos caças. Siga o caminho e você passará por um looping. Há vários desses pela fase. Para continuar seguindo caminho você deve pegar carona com os foguetes. Além disso, haverá também partes para descer pelos cabos da ponte. Aperte B para descer mais rápido. Não se preocupe quando chegar um momento em que a ponte estiver sem pista. Você não vai cair se passar pelo meio, onde seria a pista.

    A agente secreta Rouge descobre a base secreta de Eggman, pois ela colocou um dispositivo de rastreamento nele quando esse tentou roubar a Master Emerald. Mas Rouge está na frente de um portão que necessita de três chaves.

Stage: 05 Egg Quarters

    Nessa fase você tem que localizar 3 chaves. Talvez seja a fase mais chata e demorada, pois se a chave surgir num buraco da parede, você sofrerá muito para localizá-la. Cuidado com o robô-besouro que faz a ronda dentro da fase. Se ele ver você, irá disparar vários raios que o pegarão em cheio. A fase é longa, e você pode se perder: há 3 câmaras: a azul, a vermelha e a verde. Na câmara do peixe (azul) dispare o míssil que está no meio do salão. Desça no poço e aperte o botão. Agora entre na sala que se abriu com o míssil. Com o botão apertado, não é preciso se preocupar com o peso que fica suspenso. Pegue o Pick Nails. Eles servem para cavar o chão, apertando B no ar, ou as paredes, apertando B quando escalando. Agora cave nas paredes e no chão para encontrar vários itens e também as chaves. Você pode voltar à fase Dry Lagoon, e seguir pela direita, em direção aos robôs. Na parede que ficar à direita deles, use o Pick Nails para achar a Mystic Meloid.

     Eggman usa um teletransportador e vai para a colônia espacial ARK, seguindo as instruções de Shadow. Mas o caminho não será nada fácil, pois a colônia está abandonada a 50 anos, então não há força na ARK, deixando tudo escuro.

Stage: 06 Lost Colony

    No caminho haverá várias portas trancadas. Será necessário achar os botões para abrir os portões. Procure por perto das portas, pois eles estarão lá. Seguindo o caminho, você chegará em uma sala sem saída. Suba nas caixas de metal para ir por cima. Aqui você encontrará o Jet Engine. Use-os para planar. No ar, segure A, para utilizar esta técnica. Use o míssil para liberar caminho e plane para chegar no local que se abriu e seguir em frente para poder terminar esta fase.

     Eggman chega à sala de controle da colônia. Shadow está lá e coloca a Chaos Emerald no console, reativando a ARK. O ouriço explica que para reativar o canhão Eclipse, uma arma com poder para destruir um planeta, serão necessárias as Chaos Emeralds e para isso eles deverão procurá-las. De repente surge Rouge, que diz que eles terão problemas para encontrar as jóias, mas ela pode ajudá-los. Eggman não acredita muito, porém a caçadora mostra uma Esmeralda. Ela diz que sabe onde encontrar as outras gemas e propõe um acordo. Eggman aceita. O trio vai até uma ilha perto dos porta-aviões da GUN. Eles combinam que Shadow irá armar a bomba para destruir toda a ilha. Enquanto isso, Rouge pega as esmeraldas que estão dentro do cofre. Eggman encarrega-se de manter a GUN ocupada.

Stage: 07 Weapons Bed

    Esta fase é ótima para fazer pontos. Logo no começo você terá vários robôs desativados. Mire em vários deles e atire. Também no começo, destrua a porta que há à esquerda e pegue o Large Cannon. Isto aumentará seu poder de fogo, permitindo destruir as caixas de metal. Agora destrua as caixas metálicas para criar uma escadaria e você poder passar. Agora só tome cuidado com os inimigos.

     Eggman, Shadow e Rouge estão juntos no porta-aviões. Mas quando eles vão se separar para concluirem suas partes, Amy aparece e abraça Shadow peensando que ele é Sonic. Robotnik diz para Shadow e Rouge terminarem suas missões, enquanto ele dá um jeito na ouriço rosa. O cientista encurrala-a, mas Tails surge dos céus no Tornado modo caminhador e os dois enfrentam-se.

TAILS

    Não ande em linha reta. Fique andando em círculos, mire nele e atire Laser Missiles para vencê-lo. Procure ser o mais rápido possível. Assim, você será atingido, mas derrotará Tails facilmente.

Stage: 08 Security Hall

    Shadow fez sua parte e armou a bomba. Eggman diz que eles não tem tempo a perder e diz para Rouge achar as Esmeraldas em quinze minutos. A caçadora retruca dizendo que cinco minutos são suficientes. A garota-morcego está dentro do corredor de segurança. O local é pequeno, mas há vários cofres. Para abrir os cofres, suba até a parte superior e aperte os botões para ativar os cofres da respectiva cor. Agora para abri-los, fique no centro do cofre e cave. A busca pelas Chaos Emeralds continua no mesmo esquema da Master Emerald. Não é recomendável abrir os cofres, só abra se você quiser procurar a Esmeralda (caso o radar aponte). A fase possui ainda um ponto em que é possível usar a Mystic Meloid. E possui uma plataforma superior, onde a esmeralda pode estar escondida. Cuidado com os lasers de proteção!

     Rouge conseguiu pegar as três Esmeraldas, mas quando ela estava indo embora, o alarme soa e um robô voador surge para detê-la.
    

R-1/A FLYING DOG

    Corra dele. Ele ficará atirando. Procure não ficar na mira dele. Uma boa dica é andar em círculos. Quando o chefe começar a atirar os mísseis teleguiados, desvie deles cuidadosamente, sem se afastar muito do chefe. Após os dois últimos mísseis serem atirados, simplesmente só aperte pulo, para que Rouge acerte a cabine do chefe. O local para acertá-lo é a cabine. Após duas batidas o chefe também disparará um laser. Você pode acertá-lo antes que ele comece a formar o laser. Quando a barra do chefe estiver vermelha, você só terá uma oportunidade para atacá-lo: quando ele estiver formando o laser. Seja rápido e preciso! Uma outra dica é você planar até uma das grades. No momento adequado saia dela e plane em direção à cabine do  chefe, mas como a câmera do jogo não ajuda, não é muito bom fazer isso. Ficar na grade é útil enquanto o chefe estiver com a metralhadora, pois lá ele não te acerta.

     Após a batalha, Rouge fica presa no cofre. Ela contacta seus parceiros pelo rádio. Shadow está caminhando pela ilha, sem dar muita atenção aparentemente. Mas o ouriço lembra de Maria e sai correndo para salvar a garota-morcego. Porém ele só tem dez minutos antes que a ilha exploda.
    

Stage: 09 White Jungle

    Ao descer os troncos, tome cuidado para não cair no lago. Ao fim deles há um cipó que você deve segurar para seguir para outras partes da fase. Após um desses cipós, você chegará em uma pequena plataforma com uma caixa de madeira em um cercado. Quebre esta caixa e caia no buraco. Aqui estarão os Air Shoes. Eles lhe darão o Light Dash, que permite locomover-se através dos anéis enfileirados. Para usar esta técnica, basta ficar na frente dos anéis e apertar B. Use esta habilidade para poder seguir em frente e acabar a fase.

     No caminho para salvar Rouge, Sonic avista Shadow e os dois, após trocarem "elogios", enfrentam-se.

SONIC

    Espere Sonic errar o golpe dele e ele ficará vulnenável. Aproxime-se e use o Sommersault (botão B) pelas costas para poder acertá-lo. Cuidado para não cair da plataforma, senão é morte certa. Se você tentar acertar o Sonic antes, é perigoso ser rebatido para fora do cenário.

     Eggman contacta Shadow pelo rádio e diz para ele se apressar e sair da ilha antes que ela exploda. Shadow vai embora e chega até onde Rouge está. Faltam poucos segundos para a bomba explodir. Mas o ouriço usa o Chaos Control e salva os dois. A ilha explode.

     Na ARK, Shadow conversa com Maria. Ela fica se perguntando como será na Terra. Shadow explica que o professor Gerald Robotnik disse que é um lugar lindo, cheio de pessosas, e que sua pesquisa é dedicada a todos na Terra. Mas Maria acabou nunca conhecendo a Terra. Rouge interrompe as lembranças do ouriço. Ela brinca com ele por o grande Shadow ter voltado para salvá-la. Ele replica dizendo que estava somente salvando as Chaos Emeralds.

     Shadow diz que chegou a hora. Eggman acha estranho, pois eles tem apenas seis Chaos Emeralds. O ouriço diz que é suficiente para uma demonstração. Eles acionam e canhão Eclipse. Eggman entra em rede nacional para declarar a instauração de seu império. Para demonstrar o seu poder destrutivo, ele aciona o canhão da ARK e destrói parte da Lua. O cientista diz que o presidente tem 24h para render-se ou então a Capital seria destruída.

     O tempo passa e Eggman fica nervoso, pois eles ainda não tem a última Chaos Emerald. Ele cobra Rouge, que havia dito que ajudaria a achar todas as Esmeraldas. A caçadora de tesouros replica dizendo que já sabe onde está a esmeralda. Ela mostra a Robotnik um jornal antigo que mostra Tails sendo presenteado com a Chaos Emerald amarela por ter derrotado Eggman e salvo Station Square. Rouge encarrega-se de encontrar Tails e pegar a última esmeralda. Shadow resolve ir também.

Stage: 10 Route 280

    Aqui o lance é correr e alcançar o Tornado. Para ganhar tempo, acumule 20 anéis para ganhar um Boost (aperte Y para usá-lo). Pegando um balão, você ganha os anéis necessários. Também use as rampas para ganhar tempo. O A é o acelerador e B o freio. Dica: comece a fase já segurando A.

     Rouge informa Shadow que o Tornado está indo na direção de Shadow. Cabe ao ouriço agora alcançar os heróis e tomar deles a última Chaos Emerald. O ouriço encontra-se em uma região montanhosa, com poucos lugares para pisar.

Stage: 11 Sky Rail

    Logo no começo da fase, depois de descer do primeiro trilho, você encontrará uma mola com hélices. Use o Homing Attack seguidamente nesta mola para poder subir. Ao longo do caminho você encontrará várias dessas. Também no início, após a primeira mola com hélices, você avistará a caixa azul da Chao Key. Vá até lá. Surgirá um inimigo. Destrua-o com o Homing Attack. Continue destruindo os inimigos que surgirem e você encontrará o item Ancient Light. Ele serve destruir os inimigos na sua linha de frente. Para usar esta técnica, segure o botão B até carregar o ataque e depois é só soltar. Siga o caminho deslizando pelos trilhos. Para trocar de um trilho para outro, coloque para o lado e aperte A. Isso será útil para conseguir pegar alguns itens.

     Shadow alcança o Tornado. Ele avisa Eggman pelo rádio que os heróis estão indo em direção a base escondida. Robotnik diz para Shadow deixá-los seguirem em frente, pois o cientista receberá o grupo. Knuckles abre o portão e o pessoal chega até onde ele está. Todos estão animados, pois irão para o espaço. Porém Eggman aparece e pretende eliminá-los. Sonic fica para enfrentá-lo, enquanto os outros vão para o foguete. Robotnik invoca seu servo, um golem feito de pedra. Porém Sonic acerta o mecanismo de controle e o golem ataca o primeiro que vê: Eggman.

EGG GOLEM

    Corra para um lado para fugir das mãos do inimigo. Note que o golem tem várias rachaduras. Use o Vulcan Cannon para acertar e abrir as rachaduras, mostrando os mecanismos. Agora mire nas partes que estão desprotegidas e use o Laser Missile. Se cair, aproveite para pegar anéis, mas cuidado para não cair na areia movediça, senão você irá morrer.

     Os heróis encontram um foguete e vão para o espaço. Eggman avisa Rouge, que está na colônia cuidando das esmeraldas, e avisa que Sonic e seus amigos estão na ARK. A caçadora pede a senha do computador central, pois ela precisará para deter os invasores. Robotnik diz a senha e desliga. A garota-morcego fala para si mesma que pegar a senha do cientista foi mais fácil que tirar doce de criança. Ela acessa o computador principal e encontra as informações sobre o projeto Shadow. Porém o protótipo da vida suprema é bem diferente do ouriço. Mas antes que ela olhasse mais, Rouge nota que a Master Emerald está na ARK e decide ir atrás de mais pedaços.

Stage: 12 Mad Space

    A fase possui uma base central, e vários satélites anexos (o jogo chama de planeta, mas tecnicamente são satélites). Para chegar nas partes altas da fase é necessário usar os foguetes, mas para isso é necessário acionar os botões. Porém alguns botões estão protegidos por caixas de metal. Acione o primeiro botão, na plataforma inicial. Agora escale através da coluna de sustentação até o piso superior de uma das plataformas. Lá já estará disponível o primeiro foguete. Explore agora o satélite cinza. Nele, há uma espécie de casa com as Iron Boots. Com elas os chutes de Rouge podem quebrar as caixas de metal. Para se livrar do satélite, primeiro quebre uma das caixas que contém um botão. Acione o botão e escale a casa azul. Acima dela haverá um foguete para você sair de lá. Para procurar as Esmeraldas é o mesmo esquema: use o radar. Cave para  encontrar as esmeraldas e itens também. A procura pode ser demorada, pois a fase é grande.