Leaf Forest

Chefe simples. Basta correr e pular nele. Apenas tome cuidado com o martelo,  e nada deverá ficar tão difícil o quanto pode aparentar.

Hot Creater

  Este chefe é um pouco mais difícil. Você deve desviar (pulando) das bombas que ele joga e, enquanto faz isso, correr na direção dele para acertá-lo.

Music Plant

  Neste chefe o esquema é o seguinte: eventualmente, Eggman lançará alguns discos com espinhos, você pode e deve subir neles. Assim, você pode pular para atacar. Mas cuidado! As plataformas possuem umas maquininhas que atiram. Você pode destruí-las se quiser.

Ice Paradise

  Este chefe ocasionalmente lançará algumas bombas, cuidado para não ser atingido. Você verá uma plataforma ligada à nave dele. Quando ela estiver desvirada, pule nela. Após fazer isso, o personagem saltará automaticamente e você poderá golpear Eggman.

Sky Canyon

  Agora, você verá Eggman, uma pequeno "canhão" e uma mão robótica acoplados a uma roda. Você deve acertar Eggman enquanto desvia dos ataques da mão robótica e dos lasers do "canhão". Por isso, é mais fácil você destruir o "canhão". Assim ele não te dará mais problemas. Acerte Eggman quantas  vezes forem necessárias para derrotá-lo, como de costume. 

Techno Base 

  Este chefe pode ser uma verdadeira dor de cabeça se você não pegar o jeito de derrotá-lo. Logo de início, você nota que Eggman está circundado por plataformas. Nas amarelas, quando a luz ficar vermelha, aparecerão espinhos. Quando estiver azul não há problemas.Eggman também irá atirar em você. Serão uma seqüência de três tiros. Desvie deles. Para golpear o cientista, você deve correr, subir numa plataforma e pular nele.

Egg Utopia

  Este chefe também pode ser difícil se não souber o esquema dele. Aqui, você pode através das setas "para cima" e "para baixo", mudar o sentido da gravidade. Isso pode ajudar muitas vezes, principalmente para golpear o chefe e desviar das bombas lançadas no chão, que explodem e formam chamas. Assim, desvie com a ajuda da gravidade dessas chamas e, com isso, chegue até Eggman e bata nele.

Final Zone 

  Não há muito o que dizer. Você terá que enfrentar todos os chefes do jogo de novo. A única novidade aqui é que, após enfrentá-los, um novo robô deverá ser derrotado.

  Para derrotá-lo, faça o seguinte:
- ao chegar, você se depara com um robô gigante que parece impossível de ser derrotado
- note que o robô atirará na sua direção seus punhos. É recomendável (porém não obrigatório) destruir esses punhos, golpeando-os;
- você deve notar que também que umas plataformas sobem e descem a toda hora;
- outra importante nota: o robô solta lasers, em linha reta e em direção à cara dele.

  E agora? Como atacá-lo? Você pode usar as plataformas que sobem e descem. Não suba muito, senão você bate nos espinhos. Quando estiver à uma altura que julgar boa, você pode executar o Spin Dash para, assim, bater na cabeça do robô. Só tenha cuidado para não ser atingido por lasers ou bater nos espinhos.

True Area 53

Depois de pegar o jeito, não é tão difícil. Eggman atirará mísseis. Você deve bater nos mísseis para lançá-los ao Eggman de volta. Entretanto, tome cuidado com sua quantidade de anéis, se perder todos, você morre. Outra nota importante: Eggman usa um ataque que suará você se estiver perto da "boca" do robô dele. Se for sugado, perdera anéis, por isso, cuidado com ele.